Software Libre en Trainning School en Química Computacional

Del 10 al 12 de diciembre pasado se celebró en el aula de informática del Edificio de Servicios al Alumnado de Anchieta la tercera edición de la Training School en Química Computacional, en las que se ha utilizado distinto software libre relacionado con la química. Las jornadas, a la que acudieron múltiples estudiantes de distintas partes de Europa, se centraron en el modelado computacional y en la proyección visual, análisis, optimización y diseño racional de agentes medicinales activos. Desde la OSL, que colaboró en las mismas con la configuración y soporte del aula, se ha realizado una entrevista a dos de los ponentes, Petko Alov y Ezequiel Quintana.

Ezequiel Quintana y Gromacs

Ezequiel Quintana trabaja en el Instituto de Productos Naturales y Agrobiología perteneciente al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) -el mayor organismo público de investigación de España y el tercero de Europa- como técnico superior especializado desde hace casi 20 años.

Según cuenta, empezó a usar Linux en 1993 mientras realizaba su posdoctorado en Estados Unidos y Slackware fue la primera distribución. En aquel entonces se necesitaba instalar toda la distribución paquete a paquete incluso los más básicos, como bind, gcc, bash, tar, etc … sin ayuda de la interfaz gráfica, solo la consola y el teclado. Fue además testigo de los inicios del software de código abierto, como por ejemplo Linux, pues fue en 1991 cuando Linus Torvald anunció su creación. Comenta que hoy en día es muy sencillo instalar una distribución Linux ya que antes se necesitaba tener unos conocimientos avanzados para poder hacerlo, y que gran parte de la comunidad científica opta a menudo por este SO en detrimento de Windows o Mac, debido al concepto de software libre en que se fundamenta. También comenta que una de sus ventajas es que se puede usar en ordenadores muy antiguos debido a que se puede utilizar sin entorno gráfico y requiere de poco recursos.

Durante el Training School en Química Computacional, Ezequiel Quintana se centró en hablar de Gromacs, un programa que realiza simulaciones de dinámicas moleculares y está especializado en moléculas bioquímicas como proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. Su facilidad de uso y su excepcional rendimiento, lo hacen una herramienta basada en el software libre que resulta fundamental en el campo de la química. De este software, Ezequiel comenta que al ser de código abierto la gente puede construir topologías para moléculas que se integrarán en los repositorios propios de GROMACS, para poder descargarlos si se necesitan. Asimismo, el personal de Gromacs realiza seminarios por Europa para enseñar a las personas a usar el programa y para oír las propuestas de mejora del mismo.

 

Petko Alov y Knime

Petko Alov es biólogo e investigador asociado en el Institute of Biophysics and Biomedical Engineering (Instituto de Biofísica e Ingeniería Biomédica), que pertenece a la Bulgarian Academy of Science (Academia Búlgara de Ciencias).

Según su testimonio, empezó a trabajar con el software libre en 1996, solo un año después de que internet fuese inicialmente introducido en los institutos de la Academia de Ciencias de Bulgaria, donde se decidió que los servidores se basarían en Linux. Después de unos años, tuvo acceso a sistemas gráficos AIX y le fascinaron sus gráficos y unidades. Más tarde instalaría y empezaría a manejar la primera estación de trabajo gráfica de Linux. En aquel entonces no era fácil, pero ahora ya han pasado 15 años y solo utiliza Windows cuando recibe algún “documento exótico”, tales como archivos en formato ppt or docx. Para él, las ventajas del software libre son la libertad de aplicación que permite y su fácil instalación, siempre y cuando se lleve a cabo por un usuario con algo de conocimientos al respecto.

Durante el Training School, Petko Alov dio una ponencia sobre Knime, una plataforma de análisis que permite llevar a cabo el desarrollo de modelos en un entorno visual, además de realizar informes e integración y ser un procesador de imágenes microscópicas. Este software se ha consolidado como un instrumento básico para la comunidad científica pues resulta esencial cuando se tienen muchos perfiles de análisis de datos. Además, nos cuenta que la plataforma Knime en realidad comenzó como una herramienta informática de análisis de datos en general pero, en cierto punto, algunos de los desarrolladores decidieron extenderlo hacia infraestructura química para así poder ofrecerlo a químicos, biólogos, farmacéuticos y científicos principalmente de las compañías farmacéuticas. Los programas de cálculo químico están muy orientados al uso de Linux y al sistema de código abierto porque cuando los ordenadores personales entraron en auge no era fácil adaptar el código de estos programas a Windows. Linux es tan popular entre desarrolladores de química computacional porque en el momento en que todo este sistema surgió, Linux era la plataforma  dominante. Y por lo visto, lo seguirá siendo.

 

Este artículo ha sido realizado por Cristian Díaz Hernández y Cecilia V. Becerra Brito

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